Im 13. Jahrhundert besass das Dorf vermutlich eine eigene Kirche, gehörte jedoch kirchlich noch zu Schwyz. Um 1462 war aber die Pfarreizugehörigkeit zwischen Schwyz und Arth strittig. Um 1480 wird erstmals eine Kapelle dem heiligen Theodul geweiht und als Filiale von Schwyz urkundlich genannt. Diese Kapelle brannte allerdings 1506 ab, sodass zwei Jahre später ein Wiederaufbau der Filialkirche erfolgte.
1581 wurde Lowerz eine Pfarrei, doch die kirchliche Oberhoheit von Schwyz blieb jedoch bis ins späte 17. Jahrhundert erhalten, hatte zumindest aber ab diesem Zeitpunkt einen eigenen Pfarrherrn.
1807 begann der Kirchenneubau nach Plänen von Bruder Jakob Nater aus dem Kloster Einsiedeln. In die Turmkugel wurde eine Schilderung der Zerstörung und des Wiederaufbaus eingelötet. Die Weihe der Kirche mit dem heiligen Nikolaus von Myra als Patron fand 1810 statt. 1820 erhielt Lauerz Seitenaltäre, Kanzel und Stühle als Geschenk aus der ehemaligen Gersauer Pfarrkirche. 1825 nahm Bischof Karl Rudolf von Buol-Schauenstein die Konsekration der neuen Kirche vor.
Die Turmkugel wurde 1847 erneuert und eine Inschrift mit Ereignissen seit 1810 eingefügt. Dasselbe geschah 1887, als das Turmdach mit Kupfer eingedeckt wurde. Bei einer umfassenden Innenrenovation 1917 wurden mehrere Deckengemälde hinzugefügt. 1925 wurde der Turmverputz erneuert. Wiederum wurde der Turmkugel eine Schrift beigefügt. Die erste Orgel aus dem Jahr 1853 wurde 1928 erweitert und erneuert.
1982/1984 fand eine umfassende Innen- und Aussenrenovation statt, an deren Ende 1984 die letzte der vier Glocken geweiht wurde. Zudem wurde durch Metzler Orgelbau eine neue Orgel eingebaut.